Pipeline RNAseq — Contrôle traductionnel du cortex murin

Contexte biologique

Ce pipeline analyse l'expression différentielle entre neurones embryonnaires et adultes du cortex murin (Mus musculus GRCm39), dans le cadre de l'étude du contrôle traductionnel médié par les ARNt.

Architecture du pipeline

Stack technique

Étape	Outil	Version
Contrôle qualité	FastQC + MultiQC	0.12 / 1.21
Trimming	fastp	0.23.4
Alignement	STAR	2.7.11b
Comptage	featureCounts	2.0.6
Expression différentielle	DESeq2	1.42.0
Enrichissement fonctionnel	clusterProfiler	4.10.0
Orchestration	Snakemake	8.x

Données

Dataset : GSE167665 (GEO, NCBI) — cortex murin, stades embryonnaire et adulte.

Utilisation

git clone https://github.com/myxcel/pipeline-rnaseq
cd pipeline-rnaseq
conda env create -f envs/qc.yaml
#...
conda env create -f envs/align.yaml
#...
conda env create -f envs/deseq2.yaml
#...
snakemake --use-conda --cores 8

Résultats principaux

[En cours, il faut beaucoup de RAM pour l'alignement chez les mammifères...]